NAHMANI &

1. מבוא
ביום 22.3.05 אושר בכנסת, בקריאה שניה ושלישית, חוק ההסדרים לשנת הכספים 2005 (להלן: "חוק ההסדרים" או "התיקון לחוק"). חוק ההסדרים כלל תיקון נרחב ומקיף בהוראות החוק לעידוד השקעות הון, התשי"ט- 1959 (להלן: "חוק לעידוד השקעות הון" או "החוק"). מטרתו המרכזית של התיקון לחוק הייתה לייעל את מתכונת הפעלת החוק באופן שנישומים, שיעמדו בקריטריונים שנקבעו בחוק, יהיו זכאים לתבוע הטבות מס מכוח הוראות החוק, וזאת מבלי שיהיה עליהם לקבל את אישורה המקדמי של מינהלת מרכז ההשקעות ו/או גוף שלטוני אחר. כל זאת, כדי לעודד את המשק הישראלי להשתלב בתחרות הגלובלית ולהגדיל את הצמיחה. לפני התיקון לחוק, עוגנו במסגרת החוק שני מסלולים לקבלת הטבות מס, האחד, מסלול המענקים, והשני, מסלול ההטבות החלופי. במסגרת התיקון לחוק, נקבעו תחת מסלול ההטבות החלופי שלושה מסלולי הטבות מס חדשים (להלן וביחד: "מסלול המס"). עוד נקבע כי הטבות המס במסלול המס אינן מצריכות את אישורם המקדמי של מינהלת מרכז ההשקעות ו/או רשות המיסים, וכי נישום העומד בקריטריונים שנקבעו בחוק יהא רשאי לתבוע את הטבות המס בשומה העצמית שהוא מגיש לרשות המיסים – בבחינת "מסלול ירוק". הוראות החוק הדנות במסלול המס רוכזו תחת סימן ב' לפרק השביעי לחוק.
חוזר זה תכליתו לסקור את עיקרי התיקון בהוראות החוק. במסגרת התיקון לחוק תוקנו, בין היתר, ההוראות העוסקות בנושאים הבאים:
א. התווספו תנאים בגוף החוק לעניין זכאות לתביעת הטבות מס ו/או מענקים לפי מסלול המענקים ולפי מסלול המס (ראה סעיף 2 להלן).
ב. בוצעו שינויים בהוראות החוק והוסדר הטיפול במשקיעים תושבי חוץ אשר עלו לישראל (ראה סעיף 3 להלן).
ג. מסלול המס שונה כך שמסלול זה הפך "מסלול ירוק". כמו כן, בוצעו שינויים בהוראות הפרק השביעי ונוספו מסלולי הטבות מס חדשים (ראה סעיף 4 להלן).
ד. תוקנה הגדרת "השקעת חוץ" באופן שניתן יהיה לסווג רכישת מניות בשוק המשני כהשקעת חוץ (ראה סעיף 5 להלן).
ה. תוקנו הוראות סעיף 74 לחוק (ראה סעיף 6 להלן).
2. תנאי זכאות נוספים לקבלת הטבות מס ו/או מענקים במסלול המענקים ובמסלול המס
2.1 תנאי זכאות נוספים לקבלת מענקים ו/או הטבות מס במסלול מענקים 
במסגרת התיקון לחוק הוסף סעיף 18 א לחוק. הסעיף קובע תנאים שעל הנישום לעמוד בהם כדי שיהיה זכאי לתבוע הטבות לפי הוראות החוק, וזאת בנוסף לתנאים אחרים הקבועים בחוק ובנוסף לתנאים שנקבעים, מעת לעת, על ידי מינהלת מרכז ההשקעות (להלן: "המינהלה"). לפי הוראות סעיף 18 א לחוק, המינהלה לא תאשר תוכנית או חלק ממנה, לגבי מפעל תעשייתי או בית מלון, אלא אם נתקיימו שני התנאים המצטברים הבאים:
א. המפעל התעשייתי או בית המלון יתרמו לעצמאות הכלכלית של משק המדינה.
ב. המפעל התעשייתי ו/או בית המלון הם בגדר מפעלים בני-תחרות התורמים לתוצר המקומי הגולמי.
לעניין זה, "מפעל תעשייתי" הוא מפעל תעשייתי כמשמעותו בסעיף 40 א לחוק. סעיף 40 א לחוק אינו מגדיר במדויק מהו מפעל תעשייתי, ואולם, הוא קובע כי מכרה או מפעל אחר להפקת מחצבים, שאיננו מפעל לחיפוש נפט או להפקתו, יהוו אף הם מפעל תעשייתי. מינהלת מרכז ההשקעות היא בעלת הסמכות, לענין זה, לקבוע מיהו מפעל הזכאי לכתב אישור במסלול מענקים, ותפקידו של פקיד השומה לבדוק אם הפעילות שבשלה ניתן כתב אישור מתבצעת הלכה למעשה. סעיף 18 א לחוק קובע כי "בית מלון", לעניין זה, הוא בית מלון או חניון, כהגדרתם בחוק שירותי תיירות, התשל"ו – 1976 (להלן: "חוק שירותי תיירות"), בישראל. לפי חוק שירותי תיירות, "בית מלון" הוא בית אירוח שבו מציעים לספק, בתמורה, שירותי לינה, בעת ובעונה אחת, לתשעה אנשים לפחות. בדומה, "חניון" מוגדר בחוק שירותי התיירות כשטח שהוכשר ללינה בתנאי שדה ואשר מציעים לספק בו, בתמורה, שירותי לינה לתשעה אנשים לפחות בעת ובעונה אחת.
2.1.1 מפעל תעשייתי התורם לעצמאות הכלכלית של משק המדינה ומפעל בר תחרות התורם לתוצר המקומי הגולמי
החוק מפרש וקובע, כי מפעל התורם לעצמאות כלכלית ולתוצר המקומי הגולמי (להלן: "מפעל בר תחרות") הוא מפעל שמתקיים בו אחד מאלה, בכל שנת מס במהלך תקופת ההטבות:
א. עיקר הפעילות של המפעל הוא בתחום הביוטכנולוגיה או הננוטכנולוגיה, כהגדרתם בסעיף 18 א לחוק, וניתן על כך אישור, קודם לאישור התוכנית על ידי המינהלה, מאת ראש המינהל למחקר ופיתוח תעשייתי (המדען הראשי). יובהר כי על המפעל לעסוק בתחום המחקרי, שאושר לו על ידי המדען הראשי, וכי חלק ניכר מהתשומות של המפעל צריך שיהיה מושקע בתחומים המחקריים שאושרו לו על ידי המדען הראשי.
ב. הכנסתו של המפעל בשנת המס ממכירות בשוק מסויים אינה עולה על 75% מסך מכירות המפעל באותה שנה. דהיינו, לא ניתן להצביע על שוק מסויים כלשהו אשר היקף המכירות בו עולה על 75% מהיקף המכירות הכולל של המפעל. סעיף 18 א מגדיר "שוק" ככולל, כל מדינה או טריטוריית מכס נפרדת. למען
הסר ספק, מדינת ישראל מהווה אף היא "שוק" לצורך החוק. מכיוון שאזורי יהודה שומרון וחבל עזה מצויים תחת טריטוריית המכס של מדינת ישראל, הרי שאזורים אלה כלולים יחד עם ישראל בשוק אחד. לצורך חישוב מחזור המכירות של המפעל או מחזור המכירות בשוק מסוים, אין להביא בחשבון את מרכיב מס הערך המוסף.
ג. הכנסותיו של המפעל בשנת המס ממכירות לשוק מסוים, שכמות התושבים בו עולה על 12 מיליון, מהוות 25% או יותר מכלל הכנסותיו של המפעל באותה שנה. לצורך קביעת מספר התושבים במדינה פלונית, יש להיעזר בפרסומיה הרשמיים של אותה המדינה.
דוגמאות:
1. מחזור המכירות של מפעל תעשייתי מסתכם כדי סך של 10 מיליון ש"ח והוא מתפלג באופן הבא: ישראל – 4 מיליון ש"ח, ארה"ב – 3 מיליון ש"ח, תאילנד – 3 מיליון ש"ח. מפעל זה עומד בתנאי (ב), שכן לא ניתן להצביע על שוק מסוים בו המפעל משווק ומוכר מעל ל- 75% מתוצרתו. בנוסף, מתקיים לגבי המפעל גם תנאי (ג).
2. מחזור המכירות של מפעל תעשייתי מסתכם כדי סך של 10 מיליון ש"ח והוא מתפלג באופן הבא: ישראל – 1 מיליון, ארה"ב – 9 מיליון. לגבי מפעל זה תנאי (ב) אינו מתקיים שכן ניתן להצביע על שוק מסוים -במקרה זה ארה"ב – בו המפעל משווק ומוכר מעל ל- 75% מתוצרתו. יחד עם זאת, תנאי (ג) מתקיים לגבי המפעל.
3. מחזור המכירות של מפעל תעשייתי מסתכם כדי סך של 10 מיליון ש"ח והוא מתפלג באופן הבא: ישראל – 7 מיליון, ארה"ב – 2 מיליון, תאילנד – 1 מיליון. לגבי מפעל זה, תנאי (ג) אינו מתקיים וזאת משום שהוא אינו מוכר מעל ל- 25% ממחזור מכירותיו בשוק מסוים שמספר התושבים בו עולה על 12 מיליון. שיעור מכירותיו של המפעל לארה"ב מגיע כדי 20% ושיעור מכירותיו לתאילנד מגיע כדי 10% בלבד. יחד עם זאת, תנאי (ב) מתקיים לגבי מפעל זה.
2.1.2 סעיף 18 א(ד) לחוק קובע כי, לצורך בחינת התנאים הקבועים בסעיף 2.1.1 דלעיל, הכנסותיו של המפעל, בכל אחד מן השווקים בהם הוא פועל, תיכלולנה את ההכנסות העסקיות הבאות, וזאת לאחר שנוכו מאותן ההכנסות הנחות שניתנו על ידי המפעל:
א. הכנסה ממכירת מוצרים שיוצרו באותו מפעל, לרבות רכיביהם אשר יוצרו במפעל אחר.
ב. הכנסה ממכירת מוצרים שהם מוליכים למחצה, שיוצרו על ידי מפעל אחר שאינו צד קשור לבעל המפעל, ובלבד שהמוצר הנמכר יוצר על ידי המפעל האחר לפי פטנט רשום של המפעל או לפי ידע בישראל שנצבר במפעל ואשר המדען הראשי קבע לגביו כי הוא כשיר להיות נושא לתוכנית מו"פ (לפי הקריטריונים הנהוגים אצל המדען הראשי) (להלן: "ידע כשיר למו"פ").
ג. הכנסות מתמלוגים המתקבלים בשל שימוש בפטנט, שפותח במפעל ואשר נרשם בשלו פטנט, ובשל שימוש בידע כשיר למו"פ שפותח במפעל. ההכנסות תיוחסנה לשוק המתאים לפי מקום התושבות של המשלם, בכפוף להוראות סעיף 4א לפקודה. לפיכך, תמלוגים שמשלם תושב חוץ יראו אותם כהכנסות
שנצמחו במדינת התושבות של המשלם. אולם, אם התמלוגים האמורים מהווים הוצאה של "מוסד קבע" במדינה השונה ממדינת תושבותו של תושב החוץ (המשלם), יראו את התמלוגים כהכנסות שנצמחו במדינה בה מצוי מוסד הקבע.
ד. הכנסות ממתן זכות שימוש בתוכנה שפותחה במפעל בישראל. ההכנסות תיוחסנה לשוק המתאים לפי מקום התושבות של המשלם, בכפוף להוראות סעיף 4א לפקודה.
ה. הכנסות ממתן שירותים נלווים למוצרים שהמפעל מייצר ו/או מוכר, כאמור בסעיפים (א) ו-(ב), והכנסות ממתן תמיכה ומשירותים נלווים בקשר לעסקאות מתן זכות השימוש, כאמור בסעיפים (ג) ו- (ד). שירות שניתן על ידי מפעל מאושר ייחשב "שירות נלווה", לצורכי החוק, רק אם השירות שניתן חיוני למכירת המוצר, וכי סביר להניח כי, הלקוח לא היה רוכש המוצר, אילולא היה המפעל מתחייב לספק לו גם את אותו "שירות נלווה".
2.1.3 לגבי מפעל בהקמה (מפעל חדש), מאפשר החוק לחשב את מחזור המכירות לשוק מסויים בשנת המס לפי חישוב ממוצע של מחזור המכירות לאותו השוק בשנת המס ובשנתיים שקדמו לה, ובלבד שלא יובאו בחשבון שנות מס שבהן טרם היו למפעל החדש הכנסות כלשהן.
דוגמא:
חברה הקימה מפעל לייצור שבבים בשנת המס 2005 . החברה החלה את השקעותיה . בנכסים יצרניים בשנת המס 2005 שנת ההפעלה שנקבעה למפעל היא שנת המס 2006 . להלן נתונים לגבי מכירות המפעל:

שנת המס 2006 
תנאי המכירות השוטף – מכיוון שהמפעל מוכר 33% מתוצרתו בארה"ב – סך של 1 מיליון ₪ מתוך סך מכירות כולל של 3 מיליון ₪ – תנאים (ב) ו- (ג) מתקיימים לגבי המפעל. חישוב ממוצע דו-שנתי (המפעל קיים שנתיים) – היקף המכירות בישראל הנו בממוצע 2.5 מיליון ₪ ולארה"ב 500,000 ₪. היקף המכירות לארה"ב, תחת חישוב זה, הנו 17% בלבד – סך של 500,000 ₪ מתוך סך מכירות כולל של 3,000,000 ₪ ולפיכך תנאי (ג) אינו מתקיים לגבי המפעל לפי חישוב זה. בנוסף, ומאחר ש- 83% מן התוצרת נמכרת בשוק מסוים אחד (ישראל), גם תנאי (ב) אינו מתקיים.
לסיכום, מאחר שתנאי המכירות השוטף מתקיים לגבי המפעל בשנת המס 2006 המפעל יהווה מפעל בר- תחרות לצורכי החוק.
שנת המס 2007:
תנאי המכירות השוטף – מכיוון שהמפעל מוכר 27% מתוצרתו בארה"ב – סך של 1.5 מיליון ₪ מתוך סך מכירות כולל של 5.5 מיליון ₪ – תנאים (ב) ו – (ג) מתקיימים לגבי המפעל. חישוב ממוצע תלת-שנתי – היקף המכירות בישראל הנו בממוצע 3 מיליון ₪ ולארה"ב 833,333 ₪. היקף המכירות לארה"ב, תחת ישוב זה, הנו 22% בלבד -סך של 833,333 ₪ מתוך סך מכירות כולל של 3,833,333 ₪, ולפיכך תנאי (ג) אינו  מתקיים לגבי המפעל לפי חישוב זה. בנוסף, ומאחר ש- 78% מן התוצרת נמכרת בשוק מסוים אחד (ישראל), גם תנאי (ב) אינו מתקיים.
לסיכום, מאחר שתנאי המכירות השוטף מתקיים לגבי המפעל בשנת המס 2007 , המפעל יהווה מפעל בר- תחרות לצורכי החוק.
שנת המס 2008:
תנאי המכירות השוטף – מכיוון שהמפעל מוכר 23% מתוצרתו בארה"ב – סך של 0.3 מיליון ₪ מתוך סך מכירות כולל של 1.3 מיליון ₪ – תנאי (ג) אינו מתקיים לגבי המפעל. בנוסף, ומאחר שהמפעל מוכר 77% מתוצרתו בשוק מסוים (ישראל), תנאי (ב) אינו מתקיים לגבי המפעל.  חישוב ממוצע תלת- שנתי – היקף המכירות בישראל הנו בממוצע 2,333,333 ₪ ולארה"ב 933,333 ₪. היקף המכירות לארה"ב, תחת חישוב זה, הנו 29% – סך של 933,333 ₪ מתוך סך מכירות כולל של 3,266,666 ₪, ולפיכך תנאים (ב) ו- (ג) מתקיימים לגבי המפעל. לסיכום, מאחר שתנאי הממוצע התלת שנתי מתקיים לגבי המפעל בשנת המס
2008 , המפעל יהווה מפעל בר-תחרות לצורכי החוק בשנה זו.
2.1.4 לגבי מפעל מאושר, שהוא הרחבה של מפעל קיים, קובע סעיף 18 א(ד)( 3) לחוק כי יראו את ההרחבה כמפעל מאושר בר-תחרות אם מתקיימים לגבי ההרחבה התנאים המנויים בפסקאות (ב) ו- (ג) שבסעיף 2.1.1 לחוזר, וזאת כמפורט להלן:
א. ככלל, המבחנים החלים על ההרחבה הם אותם המבחנים, שנקבעו לגבי מפעל מאושר בהקמה, אלא שלגבי הרחבה של מפעל מאושר יש להחיל המבחנים, בשינויים המתחייבים, רק לגבי ההכנסות המיוחסות לאותה הרחבה.
ב. על מנת לחלץ את המחזור המיוחס להרחבה יש ליישם ולהחיל את הוראות סעיף 74 לחוק.
ג. את המחזור המיוחס להרחבה, כאמור בסעיף ב' דלעיל, יש לייחס לשווקים השונים לפי מבחן הגידול במחזור בכל שוק. לעניין זה, ההפרש שבין מחזור המכירות השוטף בשוק מסוים לבין מחזור הבסיס בשוק מסוים מהווה את הגידול במחזור המיוחס לאותו שוק מסוים. לעניין זה, קובע סעיף 18 א לחוק כי מחזור הבסיס בשוק מסוים יחושב בדומה לאופן חישוב מחזור הבסיס בסעיף 74 לחוק.
דוגמא:

מכיוון שיש לבחון המבחנים הקבועים, לעניין מבחן בר תחרות, אך ורק לגבי ההכנסות המיוחסות להרחבה, הרי שהתנאים הקבועים בפסקאות (ב) ו- (ג) של סעיף 2.1.1 מתקיימים. התנאי הקבוע בפסקה (ב) מתקיים, שכן לא ניתן להצביע על שוק מסוים בו מוכר המפעל מעל ל- 75% מהגידול במחזור (לישראל – 33% ולארה"ב – 67% ). כמו כן, מתקיים התנאי הקבוע בפסקה (ג), שכן המפעל מוכר 67% מתוצרתו לשוק מסוים בו מספר התושבים עולה על 12 מיליון.
2.1.5 בית מלון התורם לעצמאות הכלכלית של משק המדינה ומפעל בר תחרות התורם לתוצר המקומי הגולמי
לגבי בית מלון – בין שמדובר במלון חדש שהוקם ובין שמדובר בתוכנית להרחבת בית מלון קיים – קובע סעיף 18 א(ג)( 3) לחוק כי הוא ייחשב מפעל בר-תחרות אם 25% מכלל הלינות בו בשנת המס הן לינות של תושבי חוץ (להלן: "מבחן הלינות השנתי"). לעניין זה, תושבי אזור יהודה ושומרון שבשליטת ישראל, לא ייחשבו כתושבי חוץ. עוד נקבע בסעיף 18 א לחוק, כי גם אם לא מתקיים מבחן הלינות השנתי, ייחשב בית מלון למפעל בר תחרות אם ממוצע לינות תושבי החוץ בשנת המס ובשתי שנות המס שקדמו לה הנו 25% לפחות (להלן: "מבחן הלינות הרב-שנתי").
דוגמא:
                                     2005   2006    2007
סך הלינות במלון              50       100      300
לינות "תושבי חוץ"          40        10        40
שיעור "לינות חוץ"         80%     10%     13%
מבחן הלינות הרב שנתי*  80%    33%**   20%
. * המלון החל לפעול בשנת המס 2005
** לפי ממוצע של שנתיים.
בשנת המס 2005 – בית המלון מהווה מפעל בר תחרות שכן הוא מקיים את מבחן הלינות השנתי.
בשנת המס 2006 – על אף שמבחן הלינות השנתי אינו מתקיים, בית המלון מהווה מפעל בר תחרות מכיוון שמתקיים לגביו מבחן הלינות הרב-שנתי.
בשנת המס 2007 – בית המלון לא יהווה מפעל בר תחרות בשנה זו שכן שני המבחנים גם יחד – מבחן הלינות השנתי ומבחן הלינות הרב- שנתי – אינם מתקיימים לגביו.
2.1.6 אי עמידה בתנאי הזכאות להטבות
לפי הוראות סעיף 50 א לחוק, אי עמידה בתנאים שנקבעו לעניין מפעל בר-תחרות, בשנה מסוימת במהלך תקופת ההטבות, אינו שולל את מעמדו של המפעל כמפעל מאושר. במצב זה, החברה אינה זכאית לתבוע הטבות מס כלשהן מכוח החוק בשנה בה מפעלה אינו מפעל בר תחרות, אולם המפעל אינו מאבד את מעמדו כמפעל מאושר. על כן, ובמידה שמינהלת מרכז השקעות לא תנפיק כתב ביטול לחברה, החברה אינה צריכה להחזיר את הטבות המס שקיבלה בעבר. כמו כן, החברה תהא רשאית לתבוע הטבות מס בעתיד, במהלך תקופת ההטבות, אם יתקיימו לגביה התנאים שנקבעו לעניין מפעל בר תחרות.
2.2 תנאי זכאות לקבלת הטבות במסלול המס
מפעל הזכאי לתבוע הטבות מס במסלול המס, קרוי בלשון החוק "מפעל מוטב" (להבדיל ממפעל מאושר הזכאי להטבות לפי מסלול מענקים). בהגדרת "מפעל מוטב" שבסעיף 51 לחוק, קבע המחוקק כי הוראות סעיף 18 א לחוק יחולו, בשינויים המחוייבים, גם לגבי מפעלים מוטבים. לאור האמור, התנאים שפורטו בסעיף 2.1 דלעיל לעניין מפעל בר-תחרות, חלים, בשינויים המתחייבים, גם לגבי מפעלים תעשייתיים או בתי מלון במסלול המס.
3. הסדרת הטיפול במשקיעי חוץ שעלו לישראל
3.1 ככלל, לא חלו שינויים משמעותיים בחוק בכל הקשור להטבות המס המוענקות למפעלים מאושרים עליהם חל "מסלול המענקים", למעט תיקון לגבי משקיעי חוץ שעלו לישראל.
3.2 במסגרת התיקון לחוק תוקנה הגדרת המונח "חברת משקיעי חוץ" שבסעיף 47 (א 1) לחוק ונקבעה הוראה בדבר מי שהשקיעו במפעלים מאושרים ו/או מפעלים מוטבים בהיותם תושבי חוץ והחליטו, מאוחר יותר, לעלות לישראל ולהשתקע בה. נקבע כי מעמדה של "חברת משקיעי חוץ" לא ייפגע אם בעל מניות שלה, שהוא תושב חוץ, עלה לישראל והפך להיות תושב ישראל לראשונה (להלן: "תושב החוץ העולה"), וזאת לגבי מפעלים מאושרים ו/או מוטבים שהוקמו טרם למועד עלייתו לישראל (לרבות הרחבה) או לגבי הרחבות שביצע בחמש השנים שלאחר מועד עלייתו לישראל. כפועל יוצא מן האמור, לצורכי מס יראו את בעל המניות שעלה ארצה כאילו הוא תושב חוץ ובהתאם לשיעור השקעת החוץ ייגזר שיעור המס ותיגזר תקופת ההטבות. יובהר כי, לעניין זה, מועד הקמתו של מפעל או מועד הרחבתו של מפעל, הוא תחילת השנה בה הופעל המפעל או תחילת שנת הבחירה, לפי העניין.
3.3 הוקטן שיעור החזקתו של תושב החוץ העולה לאחר שעלה ארצה, אם בשל מכירת מניות ואם בשל הקצאת מניות תוך דילול ההחזקות, יחושב מחדש שיעור השקעת החוץ, כפי המקובל. השקעה חדשה והגדלת שיעור ההחזקה של תושב החוץ העולה בחברה, אף אם בוצעה בחמש השנים שלאחר יום עלייתו לישראל, לא תיחשב להשקעת חוץ.
דוגמא:
חברה תושבת ישראל, שהיא בעלת מפעל מאושר, מוחזקת על ידי שני בעלי מניות: ג'ון, תושב ארה"ב, מחזיק ב- 70% ממניות החברה, ומשה, תושב ישראל, מחזיק ביתרת המניות. אם ג'ון יעלה לראשונה לישראל ביום 1.1.06 אזי, החברה תיחשב לחברה בהשקעת חוץ ששיעור השקעת החוץ בה הוא 70% .האמור יחול גם לגבי הרחבות שתבוצענה עד לתום שנת המס 2010 (בהתאם לשנת ההפעלה/ שנת בחירה). בנוסף, במידה שג'ון ירכוש את מניותיו של משה (הגדלת שיעור ההחזקה) לאחר עלייתו . לישראל, שיעור השקעת החוץ בחברה ייוותר 70%
4. מסלול המס
כאמור, לפני התיקון לחוק ניתנו הטבות מס במסגרת שני מסלולים עיקריים, מסלול המענקים והמסלול החלופי (להלן: "המסלול החלופי הישן"). במסגרת התיקון לחוק, פוצל הפרק השביעי לשני חלקים, האחד, עניינו במסלול המענקים, והשני, עניינו במסלול המס. הוראות המס שעניינן במסלול מענקים רוכזו תחת סימן א' לפרק השביעי, ואילו ההוראות שעניינן מסלול המס רוכזו תחת סימן ב' לפרק השביעי. כפי שציינו, מסלול המס בחוק הוא "מסלול ירוק", דהיינו, בעל מפעל תעשייתי או בעל בית מלון יהא רשאי לתבוע הטבות מס מכוח החוק וזאת מבלי שהוא נדרש לקבל על כך אישור מקדמי מגוף שלטוני כלשהו. להבדיל מהמצב עובר לתיקון לחוק, במסלול המס (החדש) רשאי מפעל תעשייתי או בית מלון באזור פיתוח א' לבחור אחד מבין שלושת מסלולי הטבות המס הבאים: מסלול חלופי או מסלול אירלנד או מסלול אסטרטגי , כמפורט בהמשך.
4.1 הגדרות ותנאים מקדמיים – סעיף 51 לחוק –
4.1.1 סעיף 51 לחוק במתכונתו הישנה (המסלול החלופי הישן) בוטל ונקבעו תחתיו הוראות חדשות אשר תכליתן לקבוע הטבות מס מוגדרות מראש לכל נישום העומד בקריטריונים שנקבעו בחוק (מסלול ירוק).
4.1.2 הטבות המס במסלול המס מוענקות ל- "חברה מוטבת" אשר לה "מפעל מוטב". לשם כך, על החברה לעמוד בתנאים הבאים:
א. כדי שחברה תיחשב "חברה מוטבת" צריך שיתקיימו לגביה כל אלה:
1. החברה התאגדה בישראל;
2. השליטה על עסקי החברה וניהולם מופעלים בישראל;
3. לצורכי מס, החברה אינה מוגדרת כ- "חברה משפחתית" או כ- "חברה שקופה" על פי סעיפים 64 א או 64 א 1 לפקודה;
4. החברה מנהלת פנקסים קבילים ומגישה דוחות לפי הוראות החוק והפקודה;
5. החברה ו- "בעל תפקיד" בה, כהגדרתו בסעיף 119 א(ד) לפקודה, לא הורשעו, בעשר השנים שקדמו לשנת הבחירה ובתקופת ההטבות, באחת מן העבירות המפורטות בסעיף ( 3) להגדרת "חברה מוטבת".
יודגש כי בהתאם להוראות סעיף 51 ז לחוק ובהתאם להגדרת "חברה מוטבת", אגודה שיתופית יכולה להיחשב אף היא לחברה מוטבת, ובלבד שמתקיימים לגביה, בנוסף לתנאים מעלה, גם התנאים הבאים:
1. האגודה השיתופית אינה מהווה "קיבוץ" לצורכי מס (סעיפים 54 -58א לפקודה).
2. על האגודה השיתופית לא יחולו, לכל אורך תקופת ההטבות, הוראות סעיפים 61 או 62 לפקודה. דהיינו, האגודה השיתופית תמוסה כחברה ולא כשותפות.
ב. על מנת שמפעל ייחשב "מפעל מוטב" לצורכי החוק, צריך שיתקיימו לגביו כל התנאים שלהלן:
1. המפעל הוא מפעל תעשייתי או בית מלון.
2. המפעל הוא מפעל בר-תחרות ומתקיימים לגביו, בשינויים המתחייבים, התנאים המנויים בסעיף 2.1 לחוזר.
3. לשם הקמתו או הרחבתו של המפעל בוצעה "השקעה מזערית מזכה".
4.1.3 במסגרת התיקון לחוק ולעניין מסלול המס, קבע המחוקק הגדרה למונח "מפעל תעשייתי". בהתאם לסעיף 51 לחוק, מפעל תעשייתי הוא מפעל הממוקם בישראל ואשר עיקר פעילותו בשנת המס היא פעילות ייצורית. המחוקק קבע כי הפעילויות הבאות תהוונה, אף הן, פעילויות ייצוריות:
א. ייצור מוצרי תוכנה ופיתוח.
ב. מחקר ופיתוח תעשייתי עבור תושב חוץ (שירותי מו"פ), ובלבד שניתן על כך אישור מאת המדען הראשי.
ג. פעילויות נוספות שייקבעו, לעניין זה, על ידי שר האוצר ושר התעשייה והמסחר (להלן: "השרים").
עוד קובע החוק, בדומה להוראות חוק עידוד התעשייה (מיסים), כי הפעילויות הבאות לא תהוונה פעילויות ייצוריות: אריזה, בניה, מסחר, תחבורה, החסנה, שירותי תקשורת, שירותים סניטריים, שירותים אישיים ו/או כל פעילות אחרת שיקבעו השרים. לגבי בתי מלון, אימץ המחוקק את ההגדרה הקבועה בסעיף 18 א לחוק ל- "בית מלון" והחיל אותה על מסלול המס. לעניין זה, ראה סעיף 2.1 לחוזר העוסק בהגדרה "בית מלון" לצורכי סעיף 18 א לחוק.
4.1.4 "השקעה מזערית מזכה" היא השקעה ברכישת נכסים יצרניים הנעשית במהלך תקופה, שאינה עולה על שלוש שנות מס המסתיימות בתום שנת הבחירה (ראה סעיף 4.5 שלהלן), לשם הקמת מפעל חדש או לשם הרחבת מפעל. לפי סעיף 51 לחוק, "נכסים יצרניים" הם:
(א) בניינים.
(ב) מכונות וציוד שלא נעשה בהם שימוש קודם בישראל או באזור. בנוסף, רכבים פרטיים ו/או רכבים מסחריים לא יהוו נכסים יצרניים.
(ג) מבנים וציוד המצויים בתחומי המפעל והמשמשים מרכזי הכשרה מקצועית או  בתי ספר תעשייתיים, או מעונות יום לילדי העובדים. ובלבד שהנכסים האמורים אינם כלולים בתוכנית שאושרה על ידי המינהלה.
לצורך חישוב ההשקעה המזערית המזכה, בניינים המשמשים "מפעל תעשייתי" –להבדיל מבניינים המשמשים בתי מלון – לא ייחשבו כנכס יצרני. בניינים כאמור ייחשבו "נכס יצרני" לכל דבר ועניין אחר על פי החוק (לדוגמא, פחת מואץ וכו').
סכום ההשקעה המזערית המזכה יהיה כלהלן:
א. לגבי מפעל חדש (בהקמה) – סכום שלא יפחת מ- 300,000 ש"ח. סעיף 51 לחוק קובע כי "מפעל חדש" הוא מפעל שהוקם לראשונה ואשר אינו מפעל קשור (ראה סעיף 4.1.7 שלהלן).
ב. לגבי הרחבה של מפעל קיים – סכום שלא יפחת מהגבוה בין השניים:
(1) 300,000 ש"ח.
(2) סכום השווה למכפלה של "השיעור המזכה", כמפורט מטה, בשוויים של הנכסים היצרניים של המפעל ביום האחרון של שנת המס שקדמה לשנת המס בה החלה ההשקעה המזערית המזכה. במסגרת החישוב האמור, יש לכלול במצבת הנכסים היצרניים גם נכסים יצרניים המשמשים את המפעל ואשר אינם בבעלותו (נכסים בהשכרה וכו'). לעניין זה, "שווי נכס יצרני" יהא המחיר המקורי של הנכס היצרני בניכוי הפחת שניתן היה לנכותו לפי תקנות מ"ה (פחת), 1941 , וזאת אפילו אם הנישום תבע פחת בשיעור שונה מכוח הוראה אחרת הקבועה בדין. יש לתאם את יתרת המחיר המקורי כאמור, החל מיום הרכישה של הנכס וכלה בתום שנת המס שקדמה לשנה שבה החלה ההשקעה המזערית המזכה, בהתאם למדד המחירים לצרכן (מדד ידוע). לגבי נכסים יצרניים, שאינם בבעלות המפעל ואשר למפעל אין נתונים בנוגע למחירם המקורי ו/או יום רכישתם (צד לא קשור וכו'), יראו את שווי השוק של הנכסים בתום שנת המס,שקדמה
לשנה בה החלה ההשקעה המזערית המזכה, כ"שווי הנכס היצרני" לעניין חישוב סכום ההשקעה המזערית המינימאלית."השיעור המזכה" שנקבע הנו:

דוגמא:
חברה ביצעה הרחבה וביקשה כי שנת המס 2008 תהווה את "שנת הבחירה" של ההרחבה. תקופת ההשקעה המזערית המזכה היא 3 שנים המסתיימות בתום שנת המס 2008.
לאור האמור, יש לקבוע את סכום ההשקעה המזערית המזכה ביחס ל"שווי הנכסים היצרניים" של המפעל ביום 31.12.05 (לפי הפחת שנצבר עד למועד זה ובהתחשב בשיעור עליית המדד הידוע עד למועד זה). אם נניח כי "שווי הנכסים היצרניים" ליום 31.12.05 הנו 300 מיליון ש"ח, אזי ההשקעה המזערית המזכה תהא:
קבוצת שווי (1)              16,800,000 = 12% * 140,000,000
קבוצת שווי (2)              11,200,000 = 7% * 160,000,000
"השקעה מזערית מזכה"  28,000,000
כמוסבר לעיל, לגבי "מפעל מוטב" שהוא מפעל תעשייתי, לא יכללו במסגרות ההשקעות של המפעל השקעותיו בבניינים, ובהתאם, במסגרת חישוב ההשקעה המזערית המזכה לא יכללו במצבת הנכסים היצרניים, מלפני ביצוע ההשקעה המזכה, מבנים המשמשים את המפעל.
4.1.5 ההכנסות שבשלהן זכאית חברה מוטבת להטבות מס (בלשון החוק "הכנסה מוטבת") הן:
א. במפעל תעשייתי – ההכנסות מפעילות ייצורית ומשירותים נלווים, כמפורט בסעיף 2.1.2 לחוזר זה. לגבי מפעל תעשייתי העוסק במתן שירותי מו"פ לתושב חוץ, כמפורט בסעיף 4.1.3 לחוזר, תינתנה הטבות מס רק לגבי ההכנסות משירותי המו"פ לתושב החוץ.
ב. בבית מלון – הכנסות ממתן שירותי תיירות; בבית מלון – הכנסות משירותי לינה, לרבות שירותים נלווים הכרוכים בפעילויותיו השוטפות של המלון והכנסות מעסק הנמצא בתוך תחומי בית המלון והמיועד בעיקר לשרת את אורחי בית המלון, ובחניון (מקום מוסדר ללינה בתנאי שדה) – הכנסות ממתן . שירותי לינה 3
4.1.6 "הרחבה" של מפעל קיים, היא כל אחד מאלה:
א. הגדלת כושר הייצור של מפעל קיים או רכישת טכנולוגיה חדשה, שהמפעל לא עשה בה שימוש קודם לרכישתה; ולגבי בית מלון – הרחבה או הוספה של בניין, לשם הגדלת מספר הלינות במלון. בכל מקרה, רכישה של מפעל קיים ו/או הגדלת כושר הייצור של מפעל בדרך של שינוי מבנה לפי הוראות חלק ה' 2
לפקודה, לא ייחשבו "הרחבה" לצורך החוק.
ב. הקמת מפעל הקשור למפעל אחר באותו תחום, ובלשון החוק "מפעל קשור".
4.1.7 "מפעל קשור" נחשב על פי החוק כהרחבה, גם אם הוא מפעל שהוקם לראשונה על ידי תאגיד חדש, וזאת משום שהוא פועל באותו תחום בו פועל מפעל אחר קשור, כך שניתן לראות את המפעל הקשור כמי שממשיך את הפעילות המבוצעת על ידי המפעל האחר שאליו הוא קשור. בשל החשש מניצול לרעה של ההטבות בחוק, תוך הסטת פעילות קיימת ו/או הרחבה של פעילות קיימת למסגרת של "מפעלים חדשים" לכאורה, קבע המחוקק בעניין זה כי "מפעל קשור" אינו יכול להיחשב כ- "מפעל חדש" (בהקמה).
ככלל, מפעל יהיה קשור למפעל אחר אם קיימים "קשרי קירבה" בין הבעלים של שני המפעלים, כמפורט להלן.
סעיף 51 לחוק קובע כי "מפעל קשור" הוא אחד מאלה:
1. מפעל שהוא בבעלות חברה שיש לה, או שהיה לה, מפעל אחר נוסף הפועל באותו תחום.
2. מפעל שהוא בבעלות חברה אשר בעל השליטה בה הוא גם בעל שליטה בחברה אחרת אשר יש לה, או שהיה לה, מפעל אחר נוסף הפועל באותו תחום.
3. מפעל שהוא בבעלות חברה אשר בעל השליטה בה היה בעל שליטה בחברה אחרת אשר יש לה, או שהיה לה, מפעל אחר נוסף הפועל באותו תחום.
לעניין פסקאות ( 2) ו- ( 3), "בעל שליטה" הוא מי שמחזיק, במישרין או בעקיפין, לבד או יחד עם אחר , ב- 50% לפחות באחד מאמצעי השליטה, כהגדרתם בסעיף 75 ב(א)( 3) לפקודה.
במסגרת ההגדרה "מפעל קשור" נקבע כי מפעלים מסויימים, אפילו אם הם פועלים באותו התחום של מפעלים אחרים (כאמור מעלה), לא יהוו "מפעל קשור", וזאת בהתקיים, להנחת דעתו של פקיד השומה, כל אלה:
1. הוא מייצר מוצר השונה באופן משמעותי מהמוצר שמייצר המפעל האחר.
2. הוא מייצר בטכנולוגיה השונה מזו המשמשת את המפעל האחר.
3. הוא ממוקם בנפרד מהמפעל האחר. ואולם, לגבי מפעל תעשייתי שאין עיסוקו ייצור תוכנה, קובע המחוקק כי אפשר שהמפעלים ימוקמו באותו אתר, אם כל הלקוחות וכל הנכסים היצרניים של המפעל הם לקוחות ונכסים יצרניים חדשים.
4. 60% או יותר מעובדיו של המפעל, אך לא פחות מעשרה עובדים, הם עובדים חדשים.
לגבי "בית מלון" יש לבחון את תנאים ( 3) ו- ( 4) בלבד.
במקרים בהם מוקם מפעל שלבעליו היה בעבר מפעל באותו תחום, נתונה למנהל רשות המיסים הסמכות לקבוע כי המפעל שהוקם אינו בגדר "מפעל קשור", בכפוף לנסיבות המקרה ובכפוף למיטב שיקול הדעת. רשות המיסים תפרסם חוזר מקצועי שייוחד לעניין "מפעלים קשורים".
4.1.8 כידוע, לגבי מפעלים במסלול המענקים, מינהלת מרכז ההשקעות היא זו שקובעת את שנת ההפעלה של תוכנית ההשקעות המאושרת (במסגרת אישור הביצוע). לגבי מפעלים מוטבים, מאחר שאין עוד צורך לקבל לגביהם אישור ביצוע מאת מינהלת מרכז ההשקעות, צריך היה לקבוע את שנת המס בה "מופעלת" תוכנית ההשקעות במפעל המוטב. לשם כך, נקבע המונח "שנת בחירה", שהיא, למעשה, "שנת ההפעלה" של ה"תוכנית המאושרת" של המפעל המוטב. הנישום הוא זה שקובע את "שנת הבחירה", בשים לב לכך שבתום שנת הבחירה עליו להצביע על עמידתו בתנאי "ההשקעה המזערית המזכה" (ראה סעיף 4.5 להלן).
4.2 הטבות המס ותקופת ההטבות – הוראות כלליות
4.2.1 סעיף 51 א לחוק קובע שלושה מסלולים עיקריים של הטבות מס להכנסות מוטבות

הערות לטבלה:
1. לגבי מפעל מוטב באזור פיתוח א': על הנישום לבחור את מסלול ההטבות – המסלול החלופי או מסלול אירלנד – במועד הגשת דוח המס לשנת הבחירה. משבחר הנישום את מסלול המס, לא יוכל לחזור בו מבחירתו במשך כל תקופת ההטבות. כלומר, על הנישום להחליט מראש על מתווה המס שיחול על המפעל
המוטב.
2. מפעל מוטב של "חברת ענק" באזור פיתוח א' (מסלול אסטרטגי): במסלול זה החוק מעניק פטור גורף ממס לחברה המוטבת ולבעלי מניותיה. דהיינו, לא רק שהחברה המוטבת אינה משלמת מס על הכנסתה החייבת המוטבת (גם לא במועד החלוקה של הרווחים), גם בעלי מניותיה פטורים ממס על הרווחים שחולקו להם. על מנת שחברה מוטבת תהא זכאית להטבות המס במסלול האסטרטגי, צריך שיתקיימו לגביה ולגבי המפעל שתקים כל אלה:
א. השקעה מזערית מזכה של 900 מיליון ש"ח לפחות; ואם המפעל המוטב ממוקם ב"אזור מזכה", השקעה מזערית מזכה של 600 מיליון ש"ח לפחות. לעניין זה, "אזור מזכה" – אזור המצוי מדרום לקו רוחב 075 או . מצפון לקו רוחב 258
ב. סך ההכנסות של החברה בשנת המס שקדמה לשנת המס בה החלה ההשקעה המזערית המזכה (להלן: "השנה הנבחנת") הוא 20 מיליארד ש"ח לפחות; ואם לפי כללי חשבונאות מקובלים יש לאחד את דוחותיה הכספיים של החברה עם דוחותיהן של חברות אחרות (חברה בת או חברה אם), ההכנסה לפי הדוח החשבונאי המאוחד בשנה הנבחנת היא 20 מיליארד ש"ח לפחות. לחילופין, ובמידה שההכנסה בשנה הנבחנת אינה מגיעה כדי 20 מיליארד ש"ח, ניתן לחשב ההכנסה לפי ממוצע של שלוש שנות המס שקדמו לשנה בה החלה ההשקעה המזערית המזכה. לגבי מפעל מוטב של "חברת ענק" באזור מזכה, יחולו הכללים שנקבעו מעלה, אלא שתקרת ההכנסות שנקבעה (ההכנסות בחברה או בדוח המאוחד) לגבי מפעל באזור מזכה נמוכה יותר והיא עומדת על סך של 13 מיליארד ש"ח.
ג. בחוק הוספה הסמכה מיוחדת לשרים (שר האוצר ושר התמ"ת) לפיה, בהתקיים תנאים מסויימים, רשאים השרים לאשר את המסלול האסטרטגי גם לחברות שמפעליהן אינם ממוקמים באזור פיתוח א' ו/או באזור מזכה (צריכים להתקיים תנאי ההשקעה המינימלית והמחזור המאוחד). כך, לדוגמא, רשאים השרים לאשר למפעל המצוי באיזור פיתוח א', אך לא באזור מזכה, כי יוחלו לגביו הוראות המסלול האסטרטגי אם נתקיימו לגבי המפעל המוטב התנאים שנקבעו לגבי מפעל מוטב הממוקם באזור מזכה.
3. הפטור ממס לפי המסלול החלופי הוא, למעשה, פטור "זמני" ממס, שכן במועד חלוקת הרווח הפטור ממס בתורת "דיבידנד" לבעלי המניות, החברה צריכה לשלם מס חברות בשיעור של 25% (אלא אם מדובר בחברה בהשקעת חוץ – כמפורט בהמשך).
4.2.2 בנוסף להטבות המס מעלה, ובהתאם להוראות סעיף 51 א(ב) לחוק, זכאית חברה מוטבת לתבוע פחת מואץ בשל הנכסים היצרניים המשמשים את המפעל המוטב, והכל בהתאם לתנאים ולשיעורים שנקבעו בסעיף 42 לחוק (הכללים הרגילים לגבי מפעלים מאושרים). לאור האמור, ניתן יהיה לתבוע פחת מואץ בשל מכונות וציוד שנכללו בהשקעה מזערית מזכה שביצע מפעל, ואף ניתן יהיה לתבוע פחת מואץ בשל השקעות שביצע המפעל במבנים בתקופה בה בוצעה ההשקעה המזערית המזכה.
4.3 חלוקת דיבידנד – סעיף 51 ב לחוק –
4.3.1 חברה מוטבת המחלקת דיבידנד מהכנסתה המוטבת הפטורה של מפעלה, למעט דיבידנד המחולק מהכנסה פטורה של מפעל מוטב במסלול האסטרטגי, תהא חייבת בתשלום מס חברות על סכום הדיבידנד המחולק, לרבות סכום מס החברות החל בשל חלוקתו (בדומה לדין שקדם לתיקון). דהיינו, יש לחלץ
הסכום החייב במס חברות מתוך הסכום שבכוונת החברה לחלק כדיבידנד (להלן: "דיבידנד ברוטו"). שיעור מס החברות החל הנו, שיעור מס החברות שהיה חל על הרווחים הפטורים ממס, בשנה הרלוונטית בה נוצרו הרווחים המחולקים, אילו המפעל היה מפעל מאושר במסלול מענקים (לפי סעיף 47 ). יש לבחון את השנה הרלוונטית שמרווחיה חולק הדיבידנד ולקבוע את שיעור המס שהיה צריך לחול באותה שנה לפי הוראות סעיף 47 לחוק.
, ככלל, שיעור המס החל לפי הוראות סעיף 47 לחוק לגבי מפעל מאושר הוא 25% ולגבי "חברה בהשקעת חוץ" שיעורי המס הינם כדלקמן:
שיעור השקעת החוץ             שיעור מס החברות
עד 49% (לא כולל)                       25%
מ- 49% ועד 74% (לא כולל)         20%
מ- 74% ועד 90% (לא כולל)         15%
90% ומעלה                               10%
דוגמאות:
א. חברה מוטבת באזור פיתוח א' במסלול החלופי מתעתדת לחלק דיבידנד בסך של 750,000 ש"ח לבעלי מניותיה. הדיבידנד יחולק מהכנסתה הפטורה של החברה המוטבת. בעלי מניותיה של החברה אינם תושבי חוץ. מס החברות שיוטל: 250,000=25% *((1-25%)/750,000)  סכום "הדיבידנד ברוטו" הנו 1,000,000 ש"ח ומס החברות שיוטל הינו 250,000 ש"ח. בנוסף, יוטל על בעלי המניות מס בשיעור של 15% בשל הדיבידנד שיחולק להם .(₪ 15% מתוך סך של 750,000 )
ב. כמו ב- (א), אלא שהמפעל המוטב בחר במסלול אירלנד. מאחר שהוטל מס חברות בשיעור של 11.5% על הכנסתו החייבת של המפעל המוטב, לא יוטל מס חברות במועד חלוקת הדיבידנד. יוטל על בעלי המניות מס בשיעור של 15% על הדיבידנד שיחולק להם (לגבי תושבי חוץ – יוטל מס בשיעור של 4% בלבד על הדיבידנד).
ג. כמו ב- (א), אלא שהמפעל המוטב הנו בבעלות חברה בהשקעת חוץ ששיעור השקעת החוץ בה הנו 95%.  מס החברות שיוטל: 83,333=10%*((1-10%)/ 750,000)  בנוסף, יוטל על בעלי המניות מס בשיעור של 15% על הדיבידנד שיחולק להם .(₪ 15% מתוך סך של 750,000 )
4.3.2 בסעיף 51 ב(ב) לחוק, נקבעה הוראה הדומה במהותה לזו שהייתה קבועה בסעיף 51 (ח) לחוק לפני התיקון. כך, לצורכי חיוב במס חברות יראו כדיבידנד שחולק, כל סכום שנתן בעל מפעל לקרובו, לבעל שליטה בו או לתאגיד בשליטתם, או שזקף אותו לטובתם, בין במישרין ובין בעקיפין. ההוראה האמורה לא תחול אם שוכנע פקיד השומה כי הסכום האמור מהווה הכנסה חייבת בידי המקבל והמס עליה שולם. לעניין זה, יחולו, בשינויים המחוייבים, הוראות תוספת מספר ( 1) לחוזר מקצועי 32/92 מיום 29.12.92
כמו כן, ובאותו עניין, נקבע בתיקון כי השניים הבאים, יהוו אף הם "דיבידנד שחולק" לצורכי חיוב בתשלום מס חברות:
א. סכום שמקורו ברווחיה הפטורים של החברה במסלול החלופי ואשר שולם לבעלי המניות של החברה אגב פירוקה (סכום שנהוג לכנותו "דיבידנד פירוק"). למען הסר ספק, החברה תהא חייבת במס חברות בשל הסכומים שהועברו לבעלי המניות, ואילו בעלי המניות יהיו חייבים במס רווחי הון על הסכומים שקיבלו, וזאת בהתאם להוראות סעיף 93 לפקודה. יובהר כי לצורכי חישוב הרווחים הראויים לחלוקה, יופחת מסכום הרווחים הפטורים הצבורים, מס החברות ששולם על ידי החברה אגב הפירוק בשל אותם הרווחים.
ב. סכומים ששילמה חברה על מנת לרכוש את מניותיה (רכישה עצמית).
4.3.3 ככלל, שיעור המס החל על דיבידנדים, המשתלמים מתוך הכנסתו המוטבת של המפעל (הפטורה ממס או החייבת בשיעור מס מופחת), הנו 15% . שיעור המס המופחת מותנה בכך שהדיבידנד יחולק תוך תקופה של 12 שנים מתום תקופת ההטבות (להלן: "מגבלת 12 השנים"). המס האמור יוטל גם אם  הדיבידנד מחולק לחבר בני-אדם שהוא תושב ישראל. בדומה להוראה הקבועה בסעיף 47 (ב)( 2)(ב) לחוק, המס המשולם על ידי חבר בני האדם מהווה מעין מקדמה על חשבון המס, ומקדמה זו תוחזר לחבר בני האדם לכשיחולק הדיבידנד שקיבל (סעיף 51 ב(ד) לחוק). כחריג לכלל, נקבעו ההוראות הבאות:
א. שיעור המס החל על דיבידנד, המחולק לתושב חוץ מתוך רווחים של מפעל מוטב "במסלול אירלנד", הנו 4% . למען הסר ספק, יובהר כי גם על דיבידנד זה חלה מגבלת 12 השנים. לעניין זה, "תושב חוץ" – יחיד תושב חוץ או חבר בני אדם תושב חוץ שהתקיים בו האמור בסעיף 68 א לפקודה (שיעור ההחזקה של תושבי ישראל, במישרין או בעקיפין, בחברה תושבת החוץ נמוך מ- 25%).
ב. מגבלת 12 השנים לא תחול לגבי דיבידנד שחולק על ידי "חברה בהשקעת חוץ", כמשמעותה בסעיף 53 ח לחוק (במסלול חלופי או במסלול אירלנד).לפיכך, לגבי חברה בהשקעת חוץ, יחול שיעור המס המופחת, ( 15% או 4% , לפי העניין) בכל מקרה וללא תלות במועד החלוקה.
ג. דיבידנד המשולם מתוך הכנסה מוטבת של מפעל במסלול האסטרטגי יהא פטור ממס. לגבי הדיבידנד האמור, לא חלה מגבלת 12 השנים (גם אם החברה אינה חברה בהשקעת חוץ).
4.4 תקופת ההטבות – סעיף 51 ג לחוק –
4.4.1 התקופה בה זכאי מפעל מוטב להטבות מס היא התקופה המפורטת להלן, לפי העניין, ובלבד שטרם חלפו 12 שנים מיום תחילתה של שנת הבחירה  (להלן:"מגבלת 12 השנים"):
א. מפעל מוטב באיזור פיתוח א' (בכל שלושת המסלולים) – 10 שנות מס שתחילתן בשנת התחילה. לעניין זה, שנת התחילה היא שנת המס שבה הייתה לחברה המוטבת, לראשונה, הכנסה חייבת מהמפעל המוטב, אך לא לפני שנת הבחירה.
על אף מגבלת 12 השנים, לעניין הקמת מפעל באזור פיתוח א', תובא בחשבון תקופת ההטבות האמורה, ובלבד שטרם חלפו 14 שנים מיום תחילתה של שנת הבחירה (שנת המס ו- 13 שנות המס שלאחריה).
ב. מפעל מוטב שאינו באיזור פיתוח א' – 7 שנות מס שתחילתן בשנת התחילה.
ג. מפעל מוטב שבבעלותה של חברה בהשקעת חוץ או מפעל מוטב שהפך להיות בבעלותה של חברה כאמור – 7 שנות מס שתחילתן בשנת התחילה (להלן: "תקופת ההטבות הרגילה"), ובנוסף, תקופה נוספת שבמהלכה הייתה החברה "חברה בהשקעת חוץ" ברציפות החל מתום תקופת ההטבות הרגילה, אך לא
יותר מ- 3 שנות מס נוספות (להלן: "התקופה הנוספת"). במילים אחרות, חברה שבתום תקופת ההטבות הרגילה הייתה חברה בהשקעת חוץ, תהנה מתקופה נוספת של הטבות, אך לא יותר מ- 3 שנים, כל עוד היא ממשיכה להיות חברה בהשקעת חוץ, ברציפות. למען הסר ספק, מגבלת 12 השנים תחול גם על חברה בהשקעת חוץ הזכאית לתקופת הטבות נוספת.
דוגמאות:
מפעל מוטב ששנת התחילה שנקבעה לו היא שנת המס 2004 . ככלל, מפעל זה יהא זכאי להטבות מס עד לשנת המס 2010 (כולל).
1. אם החברה המוטבת תהא חברה בהשקעת חוץ לפחות מיום 31.12.2010 ועד ליום 31.12.2013 , תקופת ההטבות תוארך ב- 3 שנים נוספות (המקסימום האפשרי).
2. אם החברה המוטבת תהא חברה בהשקעת חוץ לפחות מיום 31.12.2010 ועד ליום 31.12.2012 , תקופת ההטבות תוארך בשנתיים בלבד.
3. אם החברה המוטבת תהא חברה בהשקעת חוץ החל מיום 1.2.2011 ועד ליום 31.12.2013 , תקופת ההטבות לא תוארך. כאמור, התקופה הנוספת תימנה החל מתום תקופת ההטבות הרגילה הקבועה בדין. מכיוון שהחוק קובע כי צריך שתקופת ההטבות תהיה רציפה, החברה המוטבת לא תהא זכאית כלל להארכת תקופת ההטבות.
4. אם החברה המוטבת הייתה חברה בהשקעת חוץ מיום 1.1.04 ועד ליום 31.12.09 – היא לא תהא זכאית לתקופה נוספת שכן היא אינה חברה בהשקעת חוץ לאחר תום תקופת ההטבות הרגילה.
4.4.2 סעיף 51 ג(ג) לחוק קובע כי חברה עתירת השקעות חוץ תהא זכאית, בכפוף לתנאים שנקבעו, להארכה של 5 שנים בתקופת ההטבות של המפעל המוטב, ובלבד שטרם חלפו 17 שנים מיום תחילתה של שנת הבחירה. כדי שהחברה המוטבת תהא זכאית להארכה בתקופת ההטבות צריך שיתקיימו לגביה התנאים הבאים:
א. החברה המוטבת היא חברה תעשייתית, כמשמעותה בחוק עידוד התעשייה (מיסים), התשכ"ט – 1969 , שבבעלותה מפעל תעשייתי (להלן: "חוק עידוד התעשייה").
ב. השקעות החוץ של תושבי החוץ בחברה המוטבת מקנות לתושבי החוץ שיעור העולה על 74% בכל אחת מהזכויות בחברה וכן שיעור העולה על 74% מהון המניות של החברה. כמו כן, נדרש כי שיעור השקעות החוץ בהון החברה (מניות והלוואות בעלים) יהא גבוה מ- 74%.
ג. ההשקעה המזערית המזכה וההשקעה בבניינים בתקופת ההשקעה המזערית המזכה הסתכמו כדי סך של 20 מיליון דולר לפחות.
ד. בכל אחת מ- 5 השנים הנוספות, היו ההכנסות במטבע חוץ, לפחות 80% מכלל הכנסותיה של החברה מהמפעל, על פי חישוב ממוצע. החישוב הממוצע ייעשה לפי ההכנסות של המפעל המוטב בתקופות של עד 3 שנים רצופות, לפי בחירתה של החברה. דהיינו, החברה רשאית, מדי שנה, לשנות את אופן חישוב ממוצע הכנסותיה. החברה רשאית לבחור את מספר השנים הרצופות לגביהן היא מבקשת לחשב את ממוצע ההכנסות (שנה אחת, שנתיים או שלוש שנים) (להלן: "התקופה הנבחנת") והיא רשאית לבחור כל קומבינציה אפשרית של תקופת חישוב ובלבד שהתקופה הנבחנת לא תעלה על שלוש שנים רצופות
(כמובן שהשנה לגביה נבחן שיעור המכירות במט"ח צריכה להיכלל בתקופה הנבחנת).
4.5 שנת הבחירה – סעיף 51 ד לחוק –
4.5.1 כאמור, שנת הבחירה נתונה להחלטתה ולקביעתה של החברה המוטבת, בכפוף להתקיימותם של התנאים הקבועים בחוק. החברה המוטבת צריכה להצביע על שנת הבחירה, והיא צריכה לעשות כן בהודעה שתגיש לפקיד השומה במועד המוקדם מבין השניים:
א. מועד הגשת הדוח השנתי (בהתחשב באורכות שניתנו לנישום).
ב. 12 חודשים מתום שנת המס לגביה מבקשת החברה כי יראוה כשנת בחירה. לא נמסרה הודעה לפקיד השומה במועד, לא ניתן יהיה לבקש כי אותה שנת מס תהא "שנת בחירה".
4.5.2 כדי ששנת מס מסויימת תוכל להיחשב "שנת בחירה", צריך שיתקיימו לגביה התנאים הבאים:
א. בתוך תקופה של 3 שנות מס רצופות, המסתיימות בתום שנת הבחירה,השקיעה החברה המוטבת השקעה מזערית מזכה (מפעל בהקמה או הרחבה).
ב. מתחילת שנת הבחירה של ההרחבה הקודמת של המפעל המוטב  (או מועד הקמת המפעל המוטב) ועד לתחילת שנת הבחירה של ההרחבה הנוכחית של המפעל חלפו לפחות שלוש שנים; ואם ההשקעה המזערית המזכה נעשתה תוך תקופה של שנתיים – לפחות שנתיים. כל זאת, בין השאר, כדי להבטיח
שההשקעה בנכסי הרחבה אחת לא ייכללו במסגרת ההשקעה המזערית המזכה של ההרחבה העוקבת (ייספרו פעמיים).בהוראות המעבר לתיקון לחוק נקבע כי חייבת לחלוף תקופה של 3 שנים לפחות מתחילת שנת ההפעלה של הרחבה קודמת במסלול החלופי (במתכונתו עובר לתיקון) לבין תחילת שנת הבחירה של ההרחבה במסלול המס (מפעל מוטב).
ג. חלפו לפחות 4 שנים מתום שנת ההפעלה של תוכנית השקעות, שאושרה על ידי המנהלה במסלול מענקים.
דוגמא:
(1) לחברה מוטבת מספר הרחבות. שנת הבחירה שנקבעה להרחבה האחרונה בזמן היא שנת 2005.
אם ההשקעה המזערית המזכה, לגבי ההרחבה העוקבת, תבוצע תוך תקופה של שלוש שנים, ניתן יהיה לבקש, לכל המוקדם, את שנת המס 2008 כשנת הבחירה. אם ההשקעה המזערית המזכה, לגבי ההרחבה העוקבת, תבוצע תוך תקופה של שנתיים, ניתן יהיה לבקש, לכל המוקדם, את שנת 2007 כשנת הבחירה.
(2) לחברה תוכנית מאושרת במסלול מענקים שהופעלה בשנת המס 2004 . החברה תהא זכאית לבחור, לכל המוקדם, את שנת המס 2009 כשנת הבחירה.
4.6 הפסקה זמנית בזכאות להטבות ומניעת כפל הטבות – סעיפים 51 ה ו- 51 ו לחוק –
4.6.1 לפי הוראות סעיף 51 ה לחוק, חברה שבשנת מס כלשהי במהלך תקופת ההטבות, לא התקיים בה תנאי מהתנאים המנויים בהגדרה "חברה מוטבת" או שלא התקיים במפעל שבבעלותה תנאי מהתנאים המנויים בהגדרה "מפעל מוטב", לא תהא זכאית לתבוע הטבות מס באותה שנת מס, אולם, לא יימנע ממנה לחזור ולתבוע הטבות מס בעתיד, במהלך תקופת ההטבות, אם יחזרו להתקיים בה התנאים המזכים בקבלת הטבות.
4.6.2 לפי הוראות סעיף 51 ו לחוק, לא יינתנו הטבות מס במסלול המס לחברה מוטבת שהתקיים בה אחד מאלה:
א. החברה המוטבת קיבלה מענקים בשל נכסים יצרניים המשמשים את המפעל המוטב. דהיינו, לא ניתן, מחד, לתבוע מענקים בשל נכסים יצרניים של המפעל, ומאידך, לכלול את אותם הנכסים במניין הנכסים הכלולים בהשקעה המזערית המזכה של "תוכנית" אחרת ובהתאם לתבוע הטבות מס לפי "מסלול המס".
ב. בשימוש המפעל המוטב מכונות או ציוד שנתקבל בשלהם מענק על ידי אדם אחר וטרם חלפו 4 שנים מתום שנת המס בה שולם לאותו אדם המענק.
ג. בשימוש המפעל המוטב מבנה שבשלו קיבל אדם אחר מענק, ולחברה המוטבת זכות לרכוש את המבנה או שקיימים, לדעת פקיד השומה, יחסים מיוחדים בין החברה המוטבת לבין האדם האחר.
4.6.3 סעיף 51 ו(ב) קובע כי חברה הזכאית להטבות לפי "מסלול המס", לא תהא זכאית להטבות אחרות לפי החוק החל משנת הבחירה וכלה בתום תקופת ההטבות. משכך, חברה המבקשת לתבוע הטבות מס לפי "מסלול המס", לא תהא רשאית לתבוע הטבות מס כלשהן בקשר לתוכניות מאושרות אחרות במסלול מענקים, לרבות אלה שאושרו לפני שנת הבחירה שנקבעה למפעל המוטב. יתרה מזו, החברה לא תוכל לתבוע לאחר שנת הבחירה כל הטבה שהיא לפי מסלול המענקים (בגין הרחבות חדשות) – הטבות מס ו/או מענקים – עד לתום תקופת ההטבות של המפעל המוטב. לאור הוראות סעיף 72 א לחוק (יציבות ההטבות), הוראות סעיף 51 ו(ב) לא יחולו על תוכניות במסלול מענקים שאושרו לפני ה- 1.4.05 . על תוכניות כאמור, יחולו הוראות החוק גם אם לחברה "מפעל מוטב" המזכה בהטבות במסלול המס.
4.7 אישור מראש והחלטות מיסוי – סעיף 51 ט לחוק –
4.7.1 במסגרת הוראות התיקון, נקבע פרק "החלטות מיסוי" שעניינו הסדרת היבטי מיסוי מסויימים לגביהם ניתן, בתנאים מסויימים, לבקש אישור מקדמי. החוק מטפל בהחלטות מיסוי בשני עניינים בלבד:
א. פנייה מקדמית על מנת לקבל אישור כי המפעל שבכוונת החברה להקים (מפעל חדש או הרחבה) הוא "מפעל תעשייתי".
ב. אישור מקדמי לכך שמפעל תעשייתי, שבכוונת החברה להקים (מפעל חדש או הרחבה), הוא אינו "מפעל קשור" של מפעל אחר, וכי מתקיימים לגבי אותו מפעל הסייגים הקבועים בפסקאות (א)( 1) עד ( 3) להגדרה "מפעל קשור". לפי הוראות החוק, חברה רשאית לבקש אישור מקדמי לא יאוחר מתום שישה
חודשים מתום שנת הבחירה.
4.7.2 פנייה לאישור מקדמי לפי הוראות החוק מחייבת בתשלום אגרה. נכון למועד כתיבתו של חוזר זה טרם קבעו השרים את סכום האגרה, ולפיכך, לפי שעה, לא מוטלת אגרה על פניות לקבלת אישורים מקדמיים.
4.7.3 בנוגע לאופן הפנייה לרשות המיסים, הפרטים שיש למסור במועד הגשת הבקשה, סדרי הדיון באישור המקדמי, הגשת ערר וכו', תפורסם הוראת ביצוע שתיוחד לעניינים אלה.
4.7.4 יוער ויובהר כי ניתן יהיה לפנות למחלקה המקצועית שברשות המיסים בכל שאלה מקצועית העולה מהוראות החוק, ואולם, אישורים מקדמיים והחלטות מיסוי בשאלות מיסוי אלו יטופלו במסגרת הליך האישור המקדמי הרגיל הקבוע בפקודה (פרק שני- ב לחלק ט' בפקודה).
4.8 הוראות מעבר והוראות תחולה
4.8.1 בהתאם להוראות המעבר לתיקון, הוראות סימן ב' לפרק השביעי יחולו על מפעלים מוטבים בלבד (מפעלים חדשים ו/או הרחבות). על מפעלים מאושרים במסלול החלופי הישן, שנתקבל בשלהם כתב אישור מלפני ה- 1.4.05 , יחולו הוראות הפרק השביעי לחוק, מלפני התיקון לחוק.
4.8.2 הוראות סעיף 18 א לחוק יחולו רק לגבי "מפעלים מוטבים" ו/או מפעלים מאושרים שנתקבל בשלהם כתב אישור ביום 1.4.05 ואילך. על מפעלים מאושרים במסלול , החלופי הישן ו/או במסלול מענקים, שנתקבל בשלהם כתב אישור מלפני ה- 1.4.05 יחולו התנאים והמגבלות הקבועים בגוף כתב האישור ו/או אישור הביצוע של התוכנית המאושרת.
5. השקעות חוץ ומשקיעי חוץ – סעיף 53 ח לחוק –
5.1 במסגרת התיקון תוקנה הגדרת המונח "השקעת חוץ" שבסעיף 53 ח לחוק, ובוצעו בה שינויים מהותיים, וזאת כמפורט להלן:
א. לפני התיקון, המונח "השקעת חוץ" הוגדר כהשקעה במטבע חוץ של תושב חוץ בחברה. כך, רק השקעה במטבע חוץ היוותה "השקעת חוץ" לצורכי החוק. כמו כן, לא נקבע סף מינימאלי לסכום השקעת החוץ. במסגרת התיקון, הוסר תנאי ההשקעה במטבע חוץ, אך התווסף תנאי לפיו על משקיע החוץ להשקיע סך שלא יפחת מ- 5 מיליון ש"ח (בשקלים או במט"ח).
ב. כאמור, רק השקעות של תושבי חוץ מהוות השקעות חוץ לצורכי החוק. במסגרת התיקון נקבע כי חברה שהיא בשליטתו של תושב ישראל, או חברה שתושבי ישראל הם הנהנים או הזכאים ל- 25% או יותר מהכנסותיה או רווחיה, במישרין או בעקיפין, לא יראוה "תושב חוץ". כפועל יוצא, השקעותיה בישראל של חברה כגון זו, לא תיחשבנה השקעות חוץ, והזכויות שהונפקו לה כנגד השקעותיה אלה, לא ייכללו כהשקעות חוץ לצורכי מבחן "שיעור השקעת החוץ" ו/או לצורך קביעת מעמדה של החברה שהוקמה כ- "חברה בהשקעת חוץ".
דוגמא:
תושבי ישראל תושבי חוץ
לפי הוראות התיקון, לא יראו את החברה האמריקאית כחברה תושבת חוץ לצורכי סעיף 53 ח לחוק, ולפיכך לא יראו את השקעותיה כהשקעות חוץ. כפועל יוצא מן האמור, החברה המוטבת לא תהווה "חברה בהשקעת חוץ". החברה המוטבת לא תהא זכאית להארכה של תקופת ההטבות ו/או להקלה נוספת בשיעורי המס.
ג. במסגרת התיקון נקבע כי, גם רכישה של מניות "קיימות" על ידי תושב חוץ, תהווה "השקעת חוץ" (רכישה בשוק המשני). כלומר, ניתן יהיה לסווג ההשקעה של תושב החוץ כ"השקעת חוץ", על אף שלא הוקצו לו מניות כנגד השקעתו. התיקון חל רק על רכישה של מניות קיימות בחברה שההון הנפרע שלה, במועד רכישת המניות, הוא מעל ל- 5 מיליון ש"ח (היתרה המאזנית של הון המניות והפרמיה בדוחות הכספיים הערוכים לפי כללי חשבונאות מקובלים). למען הסר ספק, ובכפוף לאמור בסעיף 5.2 שלהלן, יובהר כי השקעת תושב החוץ לא תיפחת מ- 5 מיליון ש"ח (כדי שתיחשב כהשקעת חוץ), וזאת בהתאם לתנאי הרישא
של הגדרת "השקעת חוץ". דהיינו, עלות רכישת המניות של תושב החוץ תהא לפחות 5 מיליון ש"ח.
5.2 כאמור, היקף השקעת החוץ של תושב החוץ יהא לפחות 5 מיליון ש"ח. למען הסר ספק, ההשקעה המינימאלית בסך של 5 מיליון ש"ח יכול שתתבצע על ידי משקיע אחד או על ידי מספר משקיעים גם יחד. לעניין זה, יש לבחון את היקף ההשקעות הנדרש ביחס להשקעות של כלל תושבי החוץ. יש לבחון, מדי שנה, את היקף ההשקעות הכולל של תושבי החוץ, ורק אם היקף ההשקעה הכולל של תושבי החוץ עולה על 5 מליון ש"ח, יהוו ההשקעות של תושבי החוץ "השקעות חוץ". לעניין זה, השקעות החוץ יכול שיבוצעו בסמיכות זמנים ויכול שיבוצעו בחלוף זמן בין ההשקעות. ואולם, רק לאחר שסך ההשקעות של תושבי החוץ מגיע כדי סך של 5 מיליון ש"ח, ורק מאותו מועד ואילך (מאותו מועד בשנת המס), יהוו ההשקעות של תושבי החוץ "השקעות חוץ".
5.3 במסגרת הוראת המעבר, נקבע כי התיקון של הגדרת "השקעת חוץ", בכל הנוגע לרכישה של מניות קיימות על ידי משקיע תושב חוץ, יחול כבר בשנת המס 2003 . משכך, והחל משנת המס 2003 , רכישה של מניות "קיימות" בחברה אשר ההון הנפרע שלה עולה על 5 מיליון , ש"ח במועד רכישת המניות, אפילו אם הרכישה האמורה בוצעה מלפני שנת המס 2003 תהווה "השקעת חוץ". יובהר כי בשנים 2003 ו- 2004 אין כל מגבלה בקשר לעלות המניות בידי תושב החוץ (תנאי ההשקעה המינימאלית של 5 מיליון), אך נדרש כי ההשקעה של תושב החוץ תתבצע במטבע חוץ.
5.4 בהתאם להוראות סעיף 72 א לחוק (יציבות ההטבות), השקעות בחברה אשר היוו "השקעות חוץ" לצורך החוק טרם לתיקונו, יהוו "השקעת חוץ" לצורך החוק גם לאחר תיקון החוק (לגבי מפעלים מאושרים קיימים ו/או מפעלים מאושרים או מוטבים שיוקמו בעתיד).
6. מפעל מעורב – סעיף 74 לחוק –
6.1 סעיף 74 לחוק, טרם לתיקונו, הוחלף, ותחתיו חוקק סעיף חדש (להלן: "סעיף 74 החדש"). הסעיף החדש, בחלקו האחד, הביא "בשורה" ושינוי מהותי ביחס למצב המשפטי הישן, ואילו בחלקו האחר, הבהיר את המצב המשפטי הישן ו/או עיגן בחקיקה את הפרקטיקה המקובלת. סעיף 74 החדש חל הן על מפעלים מאושרים והן מפעלים מוטבים.
6.2 כאמור, התיקון לחוק כלל מספר שינויים תחיקתיים מהותיים ביחס למצב הישן, וזאת כמפורט להלן:
א. בוטל מבחן "יחס הנכסים": כיום, ולפי התיקון לחוק, יש להפעיל את נוסחת "יחס המחזורים" בלבד לצורך ייחוס ההכנסה החייבת לחלקי המפעל השונים. יתרה מזו, ניטלה ממינהלת מרכז ההשקעות הסמכות לקבוע שיטות חליפיות לייחוס ההכנסה החייבת במפעל המעורב, וניתן לייחס את ההכנסה החייבת אך ורק לפי שיטת "יחס המחזורים". התוצאה היא, שגם אם נעשה שימוש במפעל בנכסים שאינם כלולים בתוכנית מאושרת ו/או שאינם כלולים בהשקעה מזערית מזכה, ההכנסה הנובעת מהם תיחשב להכנסה מוטבת לצורכי החוק. כל זאת, בתנאי שאין המדובר בנכסים שנעשה בהם שימוש קודם בישראל.
ב. שיטת ייחוס ההכנסה החייבת: עוגנה בחקיקה הפרקטיקה שהייתה נוהגת קודם לתיקון בקשר להפעלת נוסחת "יחס המחזורים". כך, נקבע בחקיקה כי יש להפעיל את נוסחת "יחס המחזורים" החל מההרחבה האחרונה בזמן וכלה בהרחבה הראשונה בזמן (מהסוף להתחלה). כמו כן, נקבע בחקיקה הטיפול המיסויי במצב של ירידה במחזור ההכנסות.
ג. ההכנסה החייבת המיוחסת: נקבע בחקיקה, בצורה מפורשת, כי ההכנסה החייבת אותה יש לייחס לכל אחד מחלקי המפעל המעורב היא ההכנסה החייבת כמשמעותה בפקודה, דהיינו, גם לאחר קיזוז הפסדים. משכך, אין ליישם את הלכת כרמל אולפינים לגבי מפעלים מוטבים אשר יש להחיל לגביהם את הוראות סעיף 74 החדש. יוער ויובהר כי על פי הוראות סעיף 7 לחוק התיאומים, יש ליישם את הוראות הסעיף, הן לפני התיקון לחוק והן לאחריו, לאחר פיצול הכנסתו החייבת של המפעל המעורב. דהיינו, את הניכוי בשל אינפלציה ו/או התוספת בשל אינפלציה יש לייחס לחלקים השונים של המפעל המעורב רק לאחר הפעלתו של סעיף 74 לחוק.
ד. שימוש במכונות ובציוד שנעשה בהם שימוש קודם בישראל (ציוד משומש): כאמור, נקבע כי ההכנסה החייבת המיוחסת לנכסים אלה לא תהא זכאית להטבות הקבועות בחוק (בדומה לנכסים לא מאושרים). נקבעה הסמכה בחוק המאפשרת למנהל לקבוע כללים לייחוס ההכנסה החייבת לנכסים אלה.
ה. שחיקת מחזורים: השרים הוסמכו לקבוע הוראות בדבר שחיקת מחזור הבסיס.
ו. מפעלים מבוזרים: השרים הוסמכו לקבוע הוראות בדבר אופן ייחוס ההכנסה החייבת בין אתרי המפעל המבוזר.
6.3 יצויין כי, על אף שסעיף 74 לחוק הוחלף כולו, התקנות בדבר בסיס ההצמדה של מחזורי הבסיס – תקנות לעידוד השקעות הון (כללים בדבר שיעור הצמדה לעניין חישוב ההכנסה החייבת של חלק מאושר במפעל מעורב), התשנ"ח- 1997 – עדיין בתוקף.
6.4 בהוראות המעבר לתיקון נקבע כי סעיף 74 לחוק, כנוסחו לפני התיקון, ימשיך לחול לגבי תוכניות שאישרה המינהלה לפני 1.4.05 (להלן: "התוכניות הישנות"). יחד עם זאת, במידה שבוצעה במפעל הרחבה שהיא "מפעל מוטב" או שבוצעה במפעל הרחבה שהונפק לגביה כתב אישור ביום 1.4.05 ואילך, נקבע בהוראות המעבר כי יש לפעול באופן הבא: תחילה, יש לייחס ההכנסה החייבת המשוייכת לתוכניות החדשות לפי הוראות סעיף 74 החדש, ואחרי כן, לייחס את ההכנסה החייבת שיוחסה לתוכניות הישנות לפי הוראות סעיף 74 "הישן".
6.5 בנוגע לשינויים בהוראות סעיף 74 לחוק, אופן יישום הוראות הסעיף, הוראות המעבר והדגמות ודוגמאות, יפורסם חוזר מקצועי שייוחד לעניין זה.